貫通式貨架結構雖然特殊，但貨物存放和重型橫梁貨架一樣，首先須進行集裝單元化工作，確定托盤的規格、載重量及貨物堆高尺寸，方便托盤貨物存放于貨架上。貫通式貨架結構穩定，能夠盡可能的將倉庫所有的空間都利用起來，滿足倉庫的高密度存儲需求。貫通式貨架的存儲模式是先進后出，因為所有的貨架痛都都可以存放貨物，所以叉車需要駛入貨架內部存取貨物，對叉車的車身寬度及叉車操作人員有著較高的要求。